Der Bau der damaligen "Maximiliansbahn", von Ulm-München-Rosenheim-Salzburg begann im Jahre 1850.
1860 wurde die Stecke Rosenheim-Salzburg eröffnet. Bis 1871 war die Strecke noch eingleisig. Der Bahnhof Bergen lag damals im Bezirk Grabenstätt. Die am meisten befahrenen Wege wurden durch einen Bahnwärter (Sichtposten) gesichert. Bevor mechanische Signale eingeführt wurden, waren "Sichtposten" unter anderem bei Schlecht, Rumgraben, Schneereuth für die Verkehrssicherheit verantwortlich.
Der Bahnhof Bergen wurde ab 1.2.1897 der Bahnhofsklasse 2 eingestuft. 1928 erfolgte die Elektrifizierung des Bahnbetriebes.
Der frühere Name "Deutsche Reichsbahn" wurde im November 1949 in "Deutsche Bundesbahn" abgeändert. 1962 wurde die Bernhauptener Straßenüberführung erbaut.